Sct. Mortens kirke er indviet til Sct. Martin af Tours (død 400). Sct. Morten, som han også kaldes, var én af middelalderens populæreste helgenskikkelser, da han stod for barmhjertighed over for de fattige i samfundet.
Kirkens størrelse skyldes både dens forbindelse med det nærliggende Helligåndskloster, som den var kirke for, og dens beliggenhed i en stor og rig købstad. Kirken blev overladt til Helligåndsbrødrenes kloster, hvis abbed Jens Mathiasen var bygmester for den nuværende kirke. Den udgjorde en fløj af Helligåndsklostret, hvoraf det nærliggende Helligåndshus også er en rest. Siden 1534 har kirken været sognekirke.
Kirkens interiør, tårn og kirkegård
Kirken er opført i røde munkesten, og dens indvendige interiør er præget af mange billedskærerarbejder og mindetavler over byens store købmænd. Den flotte barokfacade fra 1751 er bygget af byens daværende viceborgmester, Søren Simonsen.
Tårnet med det karakteristiske løgspir blev dog først bygget 1795-97. Tidligere begavede man folk i kirken, men i 1805 blev det forbudt, og derfor blev man begravet så tæt på kirken som muligt. Rundt om kirken lå kirkegården, og derfor kan du se navne indgraveret på muren. Det fungerede nemlig som en slags gravsten. Kirkegården blev dog nedlagt i 1812.
Det smukke klokkespil
I anledning af kirkens 500 års jubilæum i 1994 er kirkens store orgel blevet gennemgribende restaureret. Desuden blev der installeret et klokkespil bestående af 49 klokker i tårnets lanterne. Klokkespillet lød første gang ud over byens tage, søndag den 11. september 1994. Klokkespillet spiller automatisk på lige klokkeslæt samt koncert lørdage kl. 10.30-11.
Derudover kan klokkespillets smukke toner ofte høres i forbindelse med det ugentlige marked på pladsen omkring kirken og ved juletid. I 2004 blev Per Kirkebys moderne alterbillede indviet, der forestiller Langfredag i Gethsemane Have.
