Store Magleby Kirke er bygget på Amagers højeste sted - 8 meter over havet. Den første kirke på stedet er formodentligt opført i 1200-tallet, men de nederlandske bønder, som blev inviteret af Christian II i 1521, restaurerede kirken i 1611, så den kom til at fremstå som ny. Det fortæller en tavle indmuret i sakristiets vestmur. Derfor kunne Store Magleby Kirke fejre sit 400 års jubilæum i 2011.
I 1731 kom endnu en omfattende ombygning og udvidelse sted, og kirken fik sit nuværende udseende, som er hollandsk inspireret.
Kirkens indre gennemgik en større restaurering i 1850'erne. Alt inventar blev revet ud og erstattet af inventar i tidens ånd: nygotik og odret træværk. Der har ikke været større ændringer eller ombygninger siden. I forbindelse med kirkens 400 års fødselsdag i 2011 fik kirken dog en ny altertavle, der er malet af Thomas Kluge. Billedet er 3-fløjet og passet ind i den nygotiske ramme.
En sjov detalje ved Store Magleby Kirke er kobberkuglen mellem spir og vindfløj, hvor der i tidens løb er indlagt dokumenter med omtale af vigtige begivenheder i kirkebygningens og sognets historie. Et helt lille historisk arkiv befinder sig således højt hævet over Store Magleby landsby.
Findes kirkedøren lukket på hverdage, kan man i dagtimerne henvende sig på kirkekontoret eller til kirkegårdspersonalet, som vil sørge for at åbne kirken for besøgende.
Ønskes kirken besigtiget på andre tidspunkter, anbefales det at lave en forhåndsaftale via kirkekontoret.
