Selvom Søbygaard hører til blandt de mindste herregårde, er den ikke en spændende historie foruden. Man finder her spor af Ærøs omtumlede historie med de mange forskellige fyrster, som fra tid til anden delte øen imellem sig.
Godset Søbygaard er opført omkring 1580 af hertug Hans den Yngre (1545–1622). Da ridderskabet i Slesvig-Holsten i 1564 nægtede at lade ham deltage i styringen af hertugdømmerne, viede Hans den Yngre al sin energi til at lede herregårde. Han havde så stor succes, at han kort før sin død formentlig var den største fødevareproducent i hertugdømmerne. Søbygaard var en lille del af hertugens omfattende besiddelser i Slesvig og Holsten. På Ærø byggede han foruden Søbygaard også herregårdene Gråsten samt Gudsgave, som ikke eksisterer mere.
Da hans søn hertug Christian af Ærø døde i 1633, blev hertugdømmet Ærø delt i tre mindre hertugdømmer og hertug Joachim Ernst af Plön arvede Søbygaard. I 1729 byttede Frederik IV, som hertug af Slesvig, sig til Søbygaard og Gudsgave.
I 1772 blev Søbygaard solgt til Christian Hansen, repræsentant for amtsforvalteren, og dermed blev det en almindelig, omend stor, herregård på Ærø. Herregården blev i 1991 købt af Den Selvejende Institution Søbygaard, som siden har stået for de omfattende renoveringer og genetableringen af voldgraven.
Søbygaard er bygget på to menneskeskabte jordbanker. Hovedbygningen er oprindeligt opført som en to-etagers bindingsværksbygning med et trappetårn mod gården. Bygningens nuværende udseende er resultatet af omfattende ændringer i midten af 1700-tallet og midten af 1800-tallet.
I dag er der koncertsal i avlsbygningerne, som er udsmykket med arbejder af Sven Havsteen-Mikkelsen. Ved siden af Søbygaard kan man bestige voldene i det fredede borganlæg fra middelalderen og kaste et blik ud over øens nordlige ende over Lillebælt til Als og Fyn. Henover sommeren vises forskellige særudstillinger fra kunstens og kulturhistoriens verden og afvikles klassiske koncerter.
