Kirken er romansk med senere ombygninger. Man ved ikke præcist, hvornår våbenhuset er opført. Det erstatter et våbenhus fra 1681. Blytaget er fornyet i 1997.
Altertavlen er udført af Peder Jensen Kolding. Kirkens oprindelige romanske alterbordsplade er indmuret i soklen i skibets sydside. Den er meget usædvanlig på grund af to helgengrave. Kirken er oprindelig indviet til Skt. Andreas,
Den anden helgengrav kan have indeholdt relikvier fra Skt. Thøger, der nævnes i forbindelse med Jannerup kirke. Kirken kaldtes tidligere Skt. Anderses kirke (Skt. Andreas) og skal være et udvidet kapel ved en berømt kilde. Folk fra hele landet søgte kilden, og det tilførte kirken store rigdomme.
Den basunblæsende engel, der er opsat som vindfløj, er udført af Peder Salmonsen, Hundborg, i 1763.
Loftet har haft en bræddebeklædning på undersiden af bjælkerne. Bræddebeklædningen var udsmykket med 44 ovale felter, der var malet af Bjørn Holgersen i 1734.
Skriftestolen er udført af Søren Pedersen, Horsens, i 1688. Den er stafferet af Christen Sørensen Maler, Holstebro, i 1690. Søren Pedersen har udført en lignende skriftestol i Hundborg kirke – foruden degnestol og altertavle i samme kirke.
Degnestolen er ligesom skriftestolen udført af Søren Pedersen, Horsens i 1693.
Døbefonten er en fin udgave af thybo-typen: Kumme med profiler foroven og bægerblade forneden. Foden har de karakteristiske hjørner med knopper. På nordvæggen i koret hænger to ældre dåbsfade.
Prædikestolen er udført af en ukendt kunstner omkring 1640.
Lydhimlen fra 1675 er i en anden stil end prædikestolen og kirkens øvrige inventar. Den er oprindelig lavet til Tvis kloster. Derfor hører våbenskjoldene ikke hjemme på egnen. Tvis kloster brændte, inden lydhimlen blev hængt op, hvorfor den blev solgt til Jannerup kirke. Sammen med lydhimlen købte man også en himmel til døbefonten. Det menes, at figuren, der viser Jesu dåb stammer fra denne dåbshimmel.
Skibet er indkøbt af menighedsrådet i 1988.
Våbenhuset er usædvanligt med to indgange: en mod øst og en mod vest. Der blev opført et klokkehus i 1662, men allerede i 1707 måtte der opføres et nyt.
Den nuværende klokke er støbt i 1937 af Jysk Jernstøberi, Brønderslev.
Hellig kilde
I nærheden af kirken findes en kilde, der blev betragtet som hellig og helbredende. Kilden har måske været brugt som helbredende kilde længe før kristen tid. Skt. Thøger tog traditionen op i det 11. årh., og den holdt sig langt op i tiden og blev årsag til kirkens usædvanlige velstand.
Den hellige kilde ved kirken var meget berømt og blev søgt af mange mennesker, der ofte kom langvejs fra. I taknemlighed for helbredelse lagde man et beløb i pengeblokken. Der var gennem årene tale om meget store beløb, der gjorde kirken særdeles velhavende. I 1743 var bispeboligen i Aalborg så medtaget, at der måtte en grundig istandsættelse til. Stiftet selv havde ikke midler til det, hvorfor man optog et lån i Jannerup Kirke.
