Landskabets udvikling og landindvinding
Efter sidste istid bestod Hindsholm af mange små øer. Mange af disse øer er i dag blevet forbundet som følge af en landhævning. Nordskov Enge har tidligere været en lavvandet fjord og senere strandeng.

For mere end 200 år siden byggede bønderne i Nordskov et dige mod Storebælt og omdannede engene til ferske græsningsarealer for husdyrene med en artsrig eng-, mose- og overdrevsvegetation.

Pumpelaget
I 1929 blev afvandingen af området forbedret ved anlæg af et pumpelag, der pumpede vandet væk igennem en afløbsledning i diget til Storebælt, hvilket gjorde det muligt at opdyrke engene.

Resterne af pumpestationen, samt de gamle grøfter og læhegnene der adskiller de enkelte jorde, kan stadigvæk ses i området.

Naturgenopretning
I 2005 var pumpeanlægget nedslidt og stod for en udskiftning. I stedet for at renovere anlægget gennemførte det tidligere Fyns Amt og Skov- og Naturstyrelsen, Fyn i samarbejde med de lokale lodsejere et naturgenopretningsprojekt, hvor pumpen blev stoppet, og der blev gravet vandhuller. Herved blev det 26 ha. store område omlagt til våd natur med sjapvand, fugtige enge og tørre overdrev – til gavn for sjældne dyr og planter, der som tidligere nu igen kan registreres i området.

I juni 2007 blev det nye naturområde indviet. Samtidig blev der lukket kreaturer ud på arealet, som skal pleje arealerne i fremtiden.

Græsning
Nordskov Enge bliver i størstedelen af året afgræsset af kreaturer. Afgræsningen sikrer, at naturområdet forbliver lysåbent. Mange af de lavt voksende urter, som knytter sig til ferske enge og overdrev, bliver nemt overskygget og er derfor helt afhængige af, at vegetationen bliver holdt nede.

I Nordskov Enge er det primært kødkvæg af racen Galloway, som står for naturplejen. Galloway er meget hårdfør og kan derfor afgræsse området det meste af året. Kreaturerne, der afgræsser Nordskov Enge, ejes af lokale landmænd.

I de fugtige enge ved Nordskov Enge kan bl.a. ses Lyse-Siv, Knop-Siv, Glanskapslet siv, Blågrøn Star, Lav Ranunkel, Kattehale, Alm. Sumpstrå, Kær-Tidsel og Tigger-Ranunkel. I søerne ses bl.a. Vandranunkel og Vejbred.

Diget
Diget langs med Nordskov Enge beskytter de bagvedliggende naturområder mod saltvandsindtrængning fra Storebælt. På diget og det højtliggende overdrevsparti findes en spændende artsrig flora. Her vokser bl.a. Stor Knopurt, Bakke Nellike, Alm. Sankthansurt, Hulkravet Kodriver, Blåhat, Mark-Krageklo, Mark Tusindgylden, Liden Frøstjerne, Samel, Kugle-Museurt og Hjorterod. Mange af planterne er sjældne i Danmark. På stranden ses bl.a. Strand-Bede og Strandkål.

Strandtudsen
I Nordskov Enge er der gjort meget for at forbedre levevilkårene for strandtudsen, som er en truet art, der tidligere har været i området. De 5 små lavvandede vandhuller, som tørrer ud om sommeren, er gode ynglepladser for tudsen. Meget hurtigt efter etableringen af vandhullerne, indfandt strandtudsen sig og lagde æg der. Vil man se strandtudser i Nordskov Enge, skal man dog afsted om natten, hvor de kravler rundt på engen for at finde føde.

Vadefugle
Med genskabelsen af engene i Nordskov Enge er raste- og ynglemulighederne for en lang række fugle forbedret. Det gælder for bl.a. viben og hjejlen. Generelt set er hele Fyns Hoved en vigtig lokalitet for vadefugle.

Klinter og digesvaler
Ud mod Storebælt er kysten præget af op til flere meter høje kystklinter. Klinterne ændrer sig hele tiden, når materiale fjernes og eroderes væk af bølgepåvirkning fra Storebælt. Derfor står klinterne som lodrette ubevoksede vægge langs kysten.

I klinterne yngler digesvaler i kolonier på op til flere hundrede ynglepar. Svalerne ses ofte flyve rundt tæt ved kreaturerne, hvor de fanger insekter, der tiltrækkes af dyrene.