Annisse ligger ved den nordøstlige ende af Arresø og består af den gamle landsby, Annisse, af et nyere parcelhuskvarter, Annisse Nord, samt, den lille flække, Huseby. Hertil kommer et forholdsvis stort opland. Der er ca. 900 husstande med knap 2400 indbyggere.
Annisses historie rækker langt tilbage, hvilket en lang række gravhøje fra vikingetiden vidner om. Det var af stor betydning, at Arresø den gang stod i direkte forbindelse med Kattegat, således at der var direkte skibsadgang. Det er også baggrunden for, at man finder resterne af en større borgruin på hovnæsset ved Annisse ? opført en gang i 1200-tallet.
Såvel Annisse som Huseby er nævnt i Saxos Danmarkskrønike og kirken er omtalt første gang i 1175 i forbindelse med et mageskifte mellem Biskop Absalon og Æbleholdt kloster.
Efterhånden sandede indsejlingen til søen til og i 1600-tallet lukkede den helt. Derved mistede byerne ved søen betydning og Annisse blev en hyggelig "flække", der først blev "genopdaget", da bilernes udbredelse betød interesse for Københavns yderområder.
Annisse Kirke ligger smukt på en bakke ud til Arresø. Kirken er romansk kampestens byggeri med granit hjørner. Skib og kor går tilbage til omkring år 1080.En gotisk forlængelse af koret har fundet sted år 1400 -1450. Resterne af et middelalderligt gulv af glasserede fliser er bevaret i koret.
