Disse gunstige omstændigheder tiltalte fiskere, der bosatte sig i et fiskerleje ved strandbredden, kimen til den senere søfarts- og skipperby Marstal. De naturgivne forhold, sammenholdt med beliggenhed ved en ”hovedvej” mellem Østersø og Øhavet, gav grobund for en voksende skibsfart. Flåden voksede og pladsen blev for trang for de mange skibe, der søgte vinterhi i hjemhavnen. Der blev behov for udvidelse af naturhavnen.
Efter et gennembrud af Eriks Hale under en efterårsstorm i 1824 påbegyndte de selvhjulpne indbyggere selv et omfattende molebyggeri i januar 1825. Som udgangspunkt blev den mindre sandholm, Holmen, forsynet med bolværker, bag hvilke skibenes ballast blev losset. Samtidigt blev Holmen omdøbt til Frederiksholm, der i dag er bedre kendt som Kalkovnen, idet der også har været kalkbrænderi på øen. Her havde havnevæsnet oprindeligt sit redskabshus, og der blev både foretaget skibsreparationer og søsat enkelte nybygninger herfra.
Molebyggeriets kampesten, der i sin tid var leveret af istiden, blev om vinteren indsamlet på land og i farvandet i nærområdet og slæbt over sne og is til stedet, hvor molen skulle opføres. Byggeriet foregik i vintrene 1825-1841, hvor hovedparten af molen blev opført. Senere blev molen udbygget endnu et par gange og dermed var den udvidede naturhavn basis for Marstals omfattende søfart, der kulminerede omkring år 1900 med en hjemmehørende flåde på mere end 300 fragtskibe, halvandet hundrede fiskefartøjer og 8 skibsværfter.
<p><img src="https://files.guidedanmark.org/files/464/280000_Marstal-Havn_Marstal-Soefartsmuseum.jpg" alt="Marstal havn år 1912" /></p>
Marstal Havn, vinter 1912
I dag er Marstal en yndet havn for charterskonnerter og lystsejlere.
