Kirken blev bevilget på Finansloven 1898 - 99 for 18.500 kr. Arkitekt Clemmesen har ved valget af byggemateriale taget hensyn til, at kirken skulle placeres på det øde og vejrbidte, men smukke lyngklædte areal.
På det tidspunkt var arkitekturen stærkt påvirket af en interesse for middelalderens bygningskunst og for tårnets vedkommende antageligvis direkte inspireret af Tveje Merløses tårne. Arkitekt Clemmesen valgte at lade kirken opføre i kløvet kampesten. Ved at anvende kløvsten til alle udvendige facetter, opnåede han en rustik karakter, der nøje harmonerede med det øde terræn og med havet og solen. I solnedgangstimen kan opleves nogle meget smukke solnedgange.
Clemmesens bygning består af kor og skib samt våbenhus i syd og tårn i nord. FREDERIKSBORG AMTSTIDENDE skrev tirsdag den 17. september 1901 om kirkeindvielsen i Lynæs: ”Den kirke, som fiskerne nu har fået, og som de med rette kan kalde deres egen, er en smuk og hyggelig bygning med tarveligt, men i højeste grad tiltalende udstyr både ude og inde.
Kirken indenfor:
Træder man ind i kirken, føler man sig straks overordentlig tiltalt og hyggelig berørt. Loftet er lige og med malede trælister inddelt i kvadrater. 27 stolerækker i forbindelse med 3 løse bænke giver plads til 180-190 mennesker.” Det var den oprindelige kirke.
I 1944 opførte arkitekt Adam Møller sakristiet. 1958-59 udvidede arkitekt Rolf Graae koret til dobbelt størrelse og tilføjede sideskibet og kapel. Udvidelsen betød ca. 150 siddepladser mere. Lynæs kirke med 350 faste pladser og med mulighed for endnu 25 pladser, er da også blevet kaldt: ”Katedralen blandt landsbykirker”. Alterskranken, den murede prædikestol med træbaldakin og de løse bænke af eg, er ligeledes fra ombygningen i 1958-59.
Døbefonden af kalksten er fra kirkens opførelse.
Alterbordet er af Ølandskalk. Derover hænger et egetræskrucifiks af Axel Poulsen fra 1944. Alterstagerne er fra 1724 af ukendt herkomst.
Kirkens altersølv er fra 1714-1724. Ministeriet for ”kirke og undervisningsvæsen” havde 18 sæt ”kalk og disk”, som de kunne overdrage fattige kirker. Ministeriet havde modtaget disse sæt fra marineministeriet den 16/8-1894.
Kirkeskibet ”Maria” og et maleri ved døbefonten, der forestiller en engel med barn, er udført i 1903 af Cilius Andersen.
”Lynæs-jollen” i sideskibet er en tro kopi af den meget populære og sødygtige jolle af samme navn.
Bådebygger Christian Madsen, Lynæs skænkede denne gave i anledning af kirkens 80 årsdag.
Orglet med 23 stemmer er ”Opus 64” fra Gunnar Fabricius Husteds orgelbyggeri i Fredensborg, og er indviet 30. juni 1996.
Da kirken fyldte 100 år i 2001, blev der samlet penge ind til en jubilæumsgave. For disse midler blev der indkøbt en lysglobe i smedejern.
Kirken kan beses ved henvendelse til kirkegårdspersonalet.
