Skærsø er en tidligere næringsfattig lobeliesø, opkaldt efter den sjældne og krævende undervandsplante, tvepibet lobelie, som kun trives i næringsfattige, klarvandede søer. den vokser på bunden af søen og har derfor brug for lys - og klart vand. Søens vand blev ødelagt af udledning af næringsstoffer i 1980’erne, men er igen blevet renere efter indgriben. Skærsø med omgivelser er, sammen med Nørremose øst for søen, fredet 1977, i alt 49 ha. Søen er visse steder 7 m dyb.
Der er mulighed for at vandre ad et stisystem - mest trampesti - rundt om søen, og der er ca. 2 km. Der er opsat informationstavle og rutebeskrivelse ved parkeringspladsen nord for søen.
Der er mulighed for at tage sig en lille dukkert i søen fra den lille strand på den sydlige kant. Her findes også et primitivt toilet. Lokale frivillige sørger for at der er ryddeligt omkring søen.
